Korallrot växer i skugga eller halvskugga på fuktig eller våt mark, helst i anslutning till rörligt markvatten. Man finner den i och vid fuktstråk i barr- och lövskog, gärna bland riklig vattenklöver Menyanthes trifoliata i mattor av vitmossa Sphagnum. Den växer även i sumpskogar och kärr samt i övergången mellan dessa, ej sällan i fastmarkskanten av gungflyn. I blöta kärr sitter den ofta i tuvkanterna. Ofta förekommer den på samma lokaler som spindelblomster Listera cordata men i regel lite blötare än denna. Någon gång kan korallroten växa på fuktig, störd mark, som vägkanter, grusgropar eller diken.

Arten är känslig för dikning på växtplatserna eller i deras omgivning.