Grönpyrola växer på torr eller frisk, helst genomsläpplig jord, ofta på isälvsmaterial. Man finner den framför allt i gammal, mossig barrskog, både blåbärsgranskog och ristallskog, gärna i små gläntor eller i sluttningar där ljustillgången är bättre. Som följeväxter är knärot Goodyera repens och linnea Linnaea borealis ej ovanliga; i tallskogarna tillkommer ibland ryl Chimaphila umbellata. Någon gång kan man få se grönpyrolan vid skogsvägar men den är känslig för stark ljusexponering.
Arten har svårt att överleva på hyggena och är därför en god indikator på skoglig kontinuitet. Den har troligen minskat i takt med att andelen gammal skog minskar.
Funnen i 756 rutor; tidigare uppgifter från 195 rutor. Ganska vanlig i östra hälften av Småland (dock sällsynt i skärgården). Västerut med avtagande frekvens och i sydväst sällsynt. – Ursprunglig.