Backruta växer i torr till frisk, örtrik, naturlig gräsmark, gärna på sand eller grus. Den gör i landskapet inte intryck av att vara kalkgynnad. Däremot är den starkt beroende av hävd i form av slåtter eller extensivt bete – den försvinner vid igenväxning liksom vid hårt bete. Förr i tiden angavs ofta biotopen som slåttermark. Numera ses arten mest i betesmark; här växer den gärna vid buskage, i odlingsrösen, på renar eller i bryn, där den har ett visst betesskydd. Lokalerna bär ofta prägel av att tidigare ha varit ängsmark. Backrutan anträffas även i skogsbryn, på buskbeväxta åkerholmar och åkerrenar, i torrbackar samt på renar till mindre vägar. Någon gång står den i gläntor i gles lövskog. Växten är oftast fåtalig på sina lokaler. Endast sällan påträffas den i starkt kulturpräglad omgivning, t.ex. på trädesåkrar eller i grustag.

Backrutan har troligen minskat starkt, först genom ängarnas omvandling till åker eller betesmark, sedan genom gödsling och utebliven hävd. Den är dåligt anpassad till dagens miljöer och kommer troligen att minska ytterligare.