Äkta johannesört har en bred ekologisk nisch och är vanlig i svagt–måttligt betade eller ohävdade torrängar, glesare skogar och vägrenar. Den har även många fynd från ruderatmiljöer: jordhögar, stentippar och sandtag. Mindre frekvent är den på sandstränder och i åkerkanter. Äkta johannesört klarar att växa i extrema miljöer på alvaret som grusalvar och karster där marken är mycket kalkrik.

Äkta johannesört är vanlig över hela Öland inklusive Stora Alvaret. Den växer i många olika miljöer och är bestämbar i fält större delen av året vilket förklarar de många fynden och den goda täckningen över ön.

Gammal, bofast.