Malört är ursprunglig i sydöstra Europa och västra Asien. Den är införd till Sverige redan under medeltiden och har lång tradition som odlad medicinal- och kryddväxt; än idag kan den ses i kryddgårdar. Den växer på torr, gärna grusig och kväverik mark. Vanliga växtmiljöer är främst ruderatmark som grustag, stentippar, jordhögar, avfallsanläggningar och annan skräpmark. Malört ses ofta i gårdsmiljöer, kvarstående vid ödehus och kulturpåverkad mark nära bebyggelse. Den växer i betade torrängar och eftersom den ratas av betesdjuren kan den bli påfallande frekvent i hårdbetade hästhagar. Även vägkanter, åkerrenar, skogsbryn och fägator kan hysa arten. Malört har naturaliserats på steniga–grusiga havsstränder där den är speciellt frekvent på driftvallar och har även noterats på mindre moränöar utmed Ölands kust. Sällsynt är arten funnen i karster och sprickrika kalkstensplatåer. På några ställen är den från grindhål spridd ett stycke ut på alvartorrängar; detta kan exempelvis ses vid Skarpa Alby, Sandby sn.

Malört är en vanlig växt speciellt utmed kusterna, längs större vägar, vid mindre samhällen och byar. Endast på Stora Alvaret och delar av Mittlandet är den mindre frekvent. Den har gynnats av ökad näringstillgång i landskapet och kan på sikt bli vanligare på betade alvartorrängar.

Gammal kulturföljeslagare, bofast.