Kustarun växer främst i betade fuktängar, både på alvarmark och längs havet. Den är inte främmande för att växa i saltpåverkade marker med skonor samt närmast strandkanten i bältet med salttåg Juncus gerardii och rödsvingel Festuca rubra. Vid några tillfällen är den sedd på driftvallar. Att växtplatsen har en viss näringspåverkan kan vara ett plus så länge kustarun inte konkurreras ut av mer högväxta arter. Sällsynt är den funnen i alvarmarkens vätar och på vittringsgrus. Kustarun är kulturgynnad och växer i grustäkter, stenbrott, vid grävda dammar, vattenhål och längs diken. Däremot är växten försvunnen från ödeåkrar, en miljö som anges i Sterner (1938).

Kustarun är vanlig längs en stor del av Ölands kust där den växer på betesmarker nära havet. Den klarar ett visst mått av ohävd men riskerar att försvinna när igenväxningen fortskrider. På Stora Alvaret är kustarun spridd och föredrar där välhävdade fuktängar med älväxing Sesleria uliginosa. Inom Mittlandet är den nästan obefintlig men kan hittas i vägkanter och gamla sandtag. Jämfört med Sterner (1938) ses en minskning i statistiska analyser (Frescalo).

Gammal, bofast.