Tomtskräppa växer i alkärr, fuktiga lövskogar, längs bäckar och på driftvallar utmed havet, samtliga ställen där den anses ursprunglig. Något vanligare är den på starkt kulturpåverkade lokaler som gårdsmiljöer, jordtippar, komposthögar, diken, dammar och vägrenar. I betesmarker ses den på kvävepåverkade eller nyröjda partier. Ibland är den funnen i åkerkanter och gräsmattor.

Fynden av tomtskräppa är ojämnt spridda, delvis speglande hur intresserade inventerarna har varit att rapportera de olika underarterna. Speciellt frekvent är den på västra Öland, väster om väg 136. På Stora Alvaret saknas den i princip helt frånsett ett par fynd vid alvarbyar; även i Mittlandet ligger fynden glest.

Tomtskräppa delas in i tre underarter som delvis har olika geografisk utbredning och val av växtmiljöer. Tandad tomtskräppa subsp. obtusifolius har tänder vars längd i frukt är minst hälften av hyllebladens bredd; endast ett hylleblad har ett tydligt gryn. Den anses ursprunglig i Danmark och Skåne där den kan växer i skogar, i övriga Norden är den inkommen och ses då främst i kulturpåverkade miljöer. Slät tomtskräppa subsp. sylvestris har hylleblad som är tydligt tunglika med få och korta tänder närmast basen, alla hylleblad har tydliga gryn. Denna underart anses ursprunglig i södra Sverige, upp till Dalsland, Västergötland, Närke och Uppland. Den är vanlig i skogar men också i människoskapade miljöer. Mellantomtskräppa subsp. transiens är intermediär med hylleblad som är mer smalt triangulära. Tänderna är korta men ofta några längre mot hyllebladets mitt, i de flesta fall har tre av hyllebladen gryn. Denna underart är ursprunglig i centrala och sydöstra Europa och är inkommen i Norden där den främst är sedd i ruderatmiljöer. Men den anses också ha uppkommit under senare tid genom hybridisering mellan de två andra underarterna och dessa "mellantomtskräppor" ser delvis annorlunda ut (Jonsell 2000). Knappt hälften av fynden från inventeringen är preciserade på underartsnivå. Sammantaget blir det för få fynd för att kunna dra några säkra slutsatser men vissa trender går att se.