Bergdunört växer i skogar med ädellöv, tall eller blandskog och ofta dyker den upp på hyggen eller efter röjningar. Den ses även i betesmarker, vägrenar, åkerkanter och längs diken. Ruderatmiljöer som sandtag och jordtippar är vanliga växtplatser. Däremot är den idag mycket ovanlig i de naturliga miljöer som anges i Sterner (1938) såsom karster, strandvallsklapper och längs västra landborgen; endast ett aktuellt fynd föreligger från en klapperstensvall av alunskiffer.

Bergdunört är vanlig på västra delen av Öland, väster om väg 136, från Borgholm och söderut till S. Möckleby sn. Även i de nordliga socknarna Högby, Källa, Persnäs och Föra är den frekvent. Liksom förr är växten ovanlig på östra Öland, speciellt den sydöstra delen. På Stora Alvaret är det glest med fynden, den växer där i träddungar och är även noterad från tokfuktängar. Sammantaget är utbredningen av bergdunört ganska oförändrad jämfört med Sterner (1938) men arten växer numera oftast i skogsmiljöer, något som tidigare inte noterats.

Bergdunört kan, speciellt när den växer torrt, habituellt likna backdunört E. collinum. Den skiljs då lättast på behåringen av fruktkapslarna. Hos bergdunört är behåringen tätast på åsarna, glandelhår finns och de mäter 0,05–0,2 mm. Backdunört har fruktkapslar med en jämn behåring runt om, glandelhår saknas eller är sparsamma och oskaftade (Jonsell & Karlsson 2010).

Gammal, bofast.