Nejlikrot växer halvskuggigt på frisk, något kalk- och näringsrik mark som gärna får vara stenbunden. Den är vanlig i hässlen, ädellövskog, annan lövskog, blandskog, buskmarker och tallskog. Ofta växer den vid de stenmurar som kantar många öländska åkrar. Nejlikrot ses i allehanda igenväxningsmarker och är en trogen kulturföljeslagare. Den förekommer i ruderatmiljöer som stentippar, jordhögar och gamla grustag, växer som ogräs i trädgårdar, utmed markvägar och även på sandstränder. Sällsynt kan den hittas i alvarkarster och öppna betesmarker.

Nejlikrot är mycket vanlig på stora delar av Öland. Lite glesare är det på Stora Alvaret där växten främst är knuten till mindre skogsdungar och gamla stenbrott med skrotstenshögar. Nejlikrot hävdar sig väl på dagens Öland, klarar att växa i många olika miljöer och gynnas av landskapets igenväxning.

Gammal, bofast.