Backtimjan växer på torr, hävdad mark som måste vara väl dränerad. Den tolererar att marken är kalkrik men försvinner om näringsämnen tillförs. En extrem miljö som nästan bara backtimjan klarar av att växa i är det väldränerade grusalvaret som består av grovmalen kalksten. Dessa grusbankar bildar mäktiga, upphöjda platåer på alvaret där backtimjan och ibland dess parasit timjansnyltrot Orobanche alba kan hittas. På Stora Alvaret kan även områden med jordfyllda sprickor i kalkstenen hysa backtimjan. Växten hittas även i betade, sandiga torrängar som är måttligt kalkpåverkade. Backtimjan växer i vägkanter, glesa tallskogar på sand, gamla sandtag och på sandstränder. I fuktängarna håller den till uppe på tuvorna där den får det lite torrare om fötterna. Kalkfattiga ljunghedar med borsttåtel Corynephorus canescens är en ganska ovanlig miljö. På gamla gravfält där vegetationen hålls extremt kort med hjälp av gräsklippare kan backtimjan vara helt dominerande.

Backtimjan är fortfarande en mycket vanlig växt på Öland, speciellt frekvent är den på Stora Alvaret. Den växer även på de torrängar som är insprängda i Mittlandet. Östra Ölands välbetade sjömarker erbjuder många lämpliga lokaler för backtimjan. Endast inom Böda Ekopark med dess barrskogar är det glest med fynden. På dagens Öland förefaller inte backtimjan vara hotad.

På Öland är endast underarten vanlig backtimjan subsp. serpyllum funnen. Ibland förekommer vitblommig backtimjan, något som är noterat vid några tillfällen under inventeringen. Backtimjan har blommor som är gynodioika dvs. de är endera honliga eller hermafroditer (med ståndare och pistill). Blommorna hos honplantor är tydligt mindre jämfört med de hos hermafroditerna. Honplantorna kan endast föra sina gener vidare genom frön, inte pollen, vilket kan vara en nackdel. Denna brist kompenserar en del av de gynodioika arterna genom att honblommorna producerar frön av bättre kvalité (Widén & Widén 2008).

Gammal, bofast.