Under större delen av inventeringen har aktuell taxonomi urskilt två varieteter: vanlig vattenmöja R. aquatilis var. aquatilis och grodmöja R. aquatilis var. diffusus. Av drygt 500 fynd har ca hälften bestämts till grodmöja, 20 % till vanlig vattenmöja och 30 % till enbart vattenmöja. Mot slutet av inventeringen ändrades taxonomin till två arter: vattenmöja R. aquatilis och grodmöja R. trichophyllus. I Sterner (1938) redovisas de tillsammans under R. paucistamineus. Från alvarvätar anges en form som står nära hårmöja R. confervoides (Samuelsson 1934) men Rikard Sterner menar att denna alvarform inte går att skilja från R. paucistamineus.

Vattenmöja har, åtminstone några något bredflikade blad (ibland flytblad), längre blomskaft (2,5–7 cm), något större och bredare blommor (kronbladen möts i kanterna), nektarierna är koppformade. Grodmöja har aldrig bredflikade blad, blomskaften är kortare (1,5–3,5 cm), blommor mindre med smalare kronblad som inte möts i kanterna, nektarierna är halvmåneformade (Jonsell 2001).