Havsnajas växer i grunt vatten på lösa, gyttjiga bottnar. Den förekommer främst i brackvatten där den klarar salthalter upp till 6 ‰ men växer även i sötvatten i högst måttligt näringsrika och kalkpåverkade sjöar och träsk som ofta är rika på kransalger i släktet Chara (Schou m.fl. 2017). Ölands enda kända lokal, Hornsjön i Högby sn, passar bra på denna beskrivning. Där hittades havsnajas 2002 av den gästande holländaren Egbert de Boer som meddelade fyndet via brev. Primärfyndet gjordes i nordvästra delen av Hornsjön nära Klosterholmen. Sedermera har havsnajas hittas utmed stranden av Hornsjön på ett flertal ställen, både vid inloppet längst nere i söder, på den nordöstra stranden, ute i själva sjön och även nära utflödet i norr vid Ålkistan. Kanske rör det sig om en nyetablering då Hornsjön genom åren varit ett välbesökt område av många botanister, eller så är havsnajas tidigare förbisedd.

I vårt grannland Danmark växte havsnajas förr i brackvatten; idag finns alla kända förekomster i sötvatten (Schou m.fl. 2017). Havsnajas är ettårig och beroende av fröspridning för att fortleva. Antalet plantor varierar mellan åren. Växten är tvåbyggare och både befruktning och frömognad sker under vattnet. Redan när pollenet frisätts från hanplantorna finns en utväxt pollenslang på ca 2 mm, något som gör att honplantorna lättare fångar in pollenkornen. Spridningen av växten till Hornsjön kan ha skett med andfåglar. Studier har visat att en tredjedel av de frön av havsnajas som passerat tarmkanalen hos en gräsand hade kvar förmågan att gro efter passagen (Agami & Waisel 1986).

Sent inkommen eller tidigare förbisedd, bofast.