Alvarkösa förekommer i västra, centrala och södra Europa och i delar av Asien. I Norden växer den endast på Öland och Gotland som är nordliga utpostlokaler. Alvarkösa växer solöppet på kalkrik mark som vintertid är fuktig men som värms upp tidigt på våren. De vanligaste växtplatserna är tunn alvarmo eller små mosskuddar som ligger direkt på kalkhällen. Alvarkösa är mycket konkurrenssvag och växer ofta längs stigar där betesdjur eller klövvilt gått fram. Vanliga följeväxter är luddlosta, alvararv, nagelört, stenkrassing, gul och vit fetknopp (Bromus hordeaceus, Cerastium pumilum, Draba verna, Hornungia petraea, Sedum acre, S. album). Påfallande ofta finner man dvärgkämpar Plantago tenuiflora inom de närmaste 5–15 metrarna från alvarkösa. I Sterner (1986) anges en lokal på en sandig gammal banvall som löper över alvarmark; under inventeringen har ingen liknande biotop för alvarkösa hittats.

Alvarkösa växer främst på norra halvan av Stora Alvaret. Den tunnar påtagligt ut på den södra delen av alvaret där den förr hade en del förekomster men där den idag saknas i flera socknar. Gräset är funnet på en del av småalvaren längre norrut. De nordligaste förekomsterna hittar man idag nära Gillberga, Persnäs sn. Jämfört med tidigare inventeringar saknas arten i de tre nordliga socknarna Böda, Högby och Källa. En lokal är funnen i sydöstra sjömarken på ett alvarliknande parti; i Sterner (1986) finns inga lokaler noterad från sjömark. Dagens tillbakagång är delvis svår att förklara. Utanför Stora Alvaret har en del alvarmarker lämnats att växa igen men det borde inte ha påverkat artens växtplatser så påtagligt. Alvarkösa är notoriskt svårfunnen och kan vara förbisedd. Liksom andra ettåriga växter i extrema miljöer varierar den mycket i antal mellan åren. Torra vårar gör att strået bara blir ett par centimeter högt och snabbt torkar bort. Kanske kan dagens klimatförändringar med torrare vårar vara en orsak till tillbakagången? Men våren och försommaren 2015 var gynnsam för alvarkösa som då hittades på flera nya lokaler, speciellt utanför Stora Alvaret (se nedan). Jämfört med Sterner (1938) ses en minskning i statistiska analyser (Frescalo och Telfer).

Det var först i en artikel av Vestergren (1924) som alvarkösans rätta natur avslöjades. Dessförinnan hade den ansetts vara en dvärgform av kösa A. spica-venti. Vestergren kunde genom studier av belägg från Öland och Gotland visa att det lilla gräset på beläggsarken var samma art som växte i västra och södra Europa nämligen Apera interrupta. Han beskriver bl.a. hur ståndarknapparna hos alvarkösa är små (0,3–0,4 mm långa) medan de mäter 1,3–1,5 mm hos kösa. Alvarkösa har dessutom en ytteragn som är krökt i spetsen strax ovanför infästet av det långa borstet; kösa saknar denna krökning. Snärpet är kortare hos alvarkösa (3–5 mm) mot kösa (5–10 mm).

Alvarkösa är höstgroende och tillväxten sker under våren innan växtplatsen torkat ut. Gräset blommar redan andra halvan av maj och gulnar sedan snabbt och vissnar helt. Efter midsommar brukar det vara omöjligt att se några spår av alvarkösa men fröna ligger i marken och bidar sin tid i väntan på höstregnen. Söderut i Europa kan den växa i sandiga åkrar, på sandfält och murar.

Gammal, bofast.