Blå bägarkrokus är ursprunglig i södra Europa (Sicilien) och vidare österut till västra Asien (Iran). Den är främst funnen i vägkanter och kulturpåverkad gräsmark nära trädgårdar. På en lokal, ett hästbetat och stenigt hässle vid avtaget till ödebyn Hildeborg, Torslunda sn, förefaller arten vara bofast (Tyler 2012 a). I de flesta övriga fall rör det sig om tillfälliga förekomster och fynden är främst gjorda söder om Borgholm, nära västra respektive östra landsvägen.

Rotknölen hos blå bägarkrokus har ett speciellt utseende liksom hos den närstående bägarkrokus C. chrysanthus. Knölskalet är tunt, papperslikt och spricker nertill upp i ringar.

Kulturflykting, bofast.