Kantdunört växer på torr–frisk, ofta näringsrik och kalkpåverkad mark. Arten förekommer i betesmarker och skogsbryn men är vanligast i olika ruderatmiljöer. Påfallande ofta växer den på grusplaner, stenhögar och i gamla kalkstensbrott, dvs. ganska torra miljöer. Kantdunört är också vanlig längs diken, på dammvallar, i vägrenar, åkerkanter och gårdsmiljöer. Enligt Sterner (1938) är arten ursprunglig vid källdrag och bäckar men i liknande miljöer är den idag ytterst ovanlig.

Kantdunört är spridd över större delen av Öland. Den är sparsam på de sydvästra delarna, troligen beroende på att marken där är något kalkfattig med öländska mått mätt. Samma utbredningslucka ser man längst uppe i Bödas barrskogar där den är obefintlig. Även på Stora Alvaret är kantdunört ovanlig; där växer den i stenbrott och någon gång i kalkfuktängar. Kantdunört har en ökande trend på Öland. Orsaken kan vara att den lätt etablerar sig i nyskapade miljöer som grusplaner vid transformatorstationer och mobilmaster, bevattningsdammar och på stentippar. Jämfört med Sterner (1938) ses en antydd ökning i statistiska analyser (Telfer).

Kantdunört bildar lätt hybrider med grådunört E. lamyi; dessa hybrider är nästan fullt fertila. Trots detta ses hybrider sällan eftersom kantdunört till stor del är självpollinerad. De båda arterna står varandra mycket nära och har ibland behandlats som underarter. Hos kantdunört saknar de övre bladen och stödbladen hår på mittnerven (enstaka hår kan förekomma på själva bladet). Hos grådunört är övre blad och stödblad tydligt håriga på mittnerven (Jonsell & Karlsson 2010).

Gammal, bofast.