Källfräne växer i rinnande sötvatten i källflöden, bäckar och liknande miljöer. I vårt land är den främst funnen i Skåne med spridda fynd norrut till Uppland. Sjöstrand angav källfräne från Öland, med frågetecken i LUB 1 och har sedermera strukit fyndet i NSB 7. Kanske rörde det sig om bäckbräsma Cardamine amara?