Vattenmynta växer på fuktig–blöt mark som ofta är både närings- och kalkrik. Vanliga växtmiljöer är betade eller ohävdade fuktängar, kärr, diken, bäckar och bevattningsdammar. Ibland växer vattenmynta i sumpskogar och större alvarvätar.

Vattenmynta är spridd över Öland med en koncentration av fynd till Mittlandets stora våtmarksområden. Längs västra kusten ses den i bäckar, diken, sumpskogar och på ohävdade stränder. Lite glesare ligger fynden på delar av östra Öland och än idag saknas växten i Segerstad sn. På Stora Alvaret är det också något glesare med fynd, där hittas vattenmynta främst i de större träsken och alvarsjöarna. Trots den dränering som skett av landskapet genom dikningar i slutet av 1800-talet och början av 1900-talet hävdar sig vattenmynta på dagens Öland. Växten har kunnat utnyttja nyskapade miljöer som bevattningsdammar och dämmen.

Vattenmynta representeras i Sverige av två underarter: vanlig vattenmynta subsp. aquatica och strandmynta subsp. litoralis. Strandmynta är främst knuten till brackvatten och växer på stränder runt Östersjön. I Sverige är den känd längs kusten, från Blekinge och norrut till Hälsingland. Denna underart är nästan helt kal, oftast ogrenad och lågvuxen jämfört med vanlig vattenmynta. Bladens undersida kan ibland vara något gleshårig på nerverna. Vanlig vattenmynta har en stjälk som är tätt och jämnt hårig liksom bladens undersida. Av 450 fynd från inventeringen är ca 100 bestämda till underart. I en majoritet av fallen rör det sig om vanlig vattenmynta.

Gammal, bofast.