Flockarun växer i betesmarker, helst på sandigt underlag, ofta där marken blivit sårad av djurens tramp eller nyligen genomförda röjningar. Flockarun är en tydlig opportunist som snabbt dyker upp vid grävda bevattningsdammar, nyanlagda skogsvägar och i botten av fuktiga sandtag. Gamla banvallar, diken, kraftledningsgator och fuktiga dynsvackor är andra växtplatser. Sällsynt förekommer flockarun idag i åkerkanter eller på trädor.

Flockarun har spridda fynd på Stora Alvaret där den växer i torra till friska, betade gräsmarker. Inom Mittlandet är den något vanligare och växer där i betesmarker och vägkanter. Speciellt frekvent blir den norrut på ön, i Högby–Källa–Persnäs sn, där den förutom i betesmarker även växer i sandiga åkerkanter. På sydvästra Öland är den idag liksom förr sällsynt. Flockarun har minskat som åkerogräs men till viss del kompenserat detta genom att växa på kulturpåverkade lokaler som hyggen och bevattningsdammar. Jämfört med Sterner (1938) ses en viss minskning i statistiska analyser (Frescalo); vår bedömning är att flockarun har ungefär samma utbredning som förr.

Flockarun kan ibland vara svår att skilja från välväxta exemplar av kustarun C. littorale var. littorale. Flockarun har foderflikar som endast täcker halva kronpipen medan de hos kustarun går nästan hela vägen upp. De mellersta stjälkbladen hos flockarun har tre nerver medan de endast är ennerviga hos kustarun. Dvärgarun C. pulchellum skiljs från de andra arterna i släktet på att sakna bladrosett och har kronblad som är något tillspetsade. Flockarun kan ibland vara vitblommig, något som är noterat vid några tillfällen under inventeringen.

Gammal, bofast.