Smånunneört växer på frisk, mullrik och halvskuggig mark i ädellövskogar, hässlen, längs skogsvägar och i trädgårdar; i den sistnämnda miljön påfallande ofta längs kanten av syrenhäckar. I betade torrängar växer den gärna i buskage med slån eller en. Någon gång är smånunneört funnen i ruderatmiljöer som gamla stenbrott.

Smånunneört är vanlig i Mittlandet och den västra kustskogen men sällsynt på det skogfattiga sydöstra Öland. På Stora Alvaret saknas arten nästan helt, där är den noterad från någon enstaka skogsdunge. Norr om Borgholm är det också glest med fynden. Smånunneört är idag funnen längre söderut på ön exempelvis i Albrunna lund, S. Möckleby sn, och vid Gräsgård kyrka. Den förbuskning som skett av landskapet har gynnat smånunneört samtidigt som denna tidigblommande art kan ha varit förbisedd i Sterner (1938).

Gammal, bofast.