Ursprunglig. 
Öppen, torr (ibland vinterfuktig) miljö, ofta på sand: sandstråk över kalkhäll och alvarmark, sandmark, fuktmark på sand, strandängar och torrängar; även sandiga beten, åker, väg- och dikeskanter samt sand- och grustag. Flockarun är särskilt vanlig i ett stråk från Tofta norrut mot Bro. Johansson (1897) bedömde att flockarun förekom ”Flerst.”, från Grötlingbo till Hangvar. Numera har rika bestånd hittats även på Storsudret, så en viss spridning ägde rum under 1900-talet (såvida inte flockarun tidigare var förbisedd här). Förekomsterna på åkrar är få i dag (bara fyra har rapporterats), men i övrigt verkar flockarun förvånansvärt beständig.
Flockarun är fridlyst.