Ursprunglig.
Våt ängsmark och andra fuktmarker, åar, kanaler, diken, pölar och dammar. Arten är också funnen i åkerkanter, på fuktiga körvägar och utdikad myrmark. Någon gång hittas den på torrare mark, då sällan blommande. Fram till 1920 hade vattenpilört setts på ett tjugotal lokaler. Förmodligen har arten minskat sedan dess p.g.a. utdikningar och minskat bete på växtplatserna, även om vi nu känner till fler lokaler. Förutom vid Kungsladugården har denna växt kvar rika bestånd även i Närkån i När och i Gothemsåns vattensystem, där den sågs redan under 1800-talet.