Ursprunglig. 
Frisk till fuktig sandtallskog, blåbärsgranskog, lövmorer samt i sumpskog (björk) på sand och torv. Någon gång i lövskog och skogskärr. Klotpyrola är den sällsyntaste Pyrola-arten, tätt följd av klockpyrola om man räknar antalet kartblad med respektive art. Däremot är det en större skillnad om man räknar närvaron i km²-rutor och ännu större om man går efter närvaron i provrutor; klotpyrola fanns i 6 rutor, klockpyrola i 22.

Klotpyrola har oförändrad eller något minskande frekvens sedan slutet av 1800- talet, då Johansson (1897) angav att arten förekom ”H. o. d.”, motsvarande tämligen allmän.