Troligen ursprunglig eller naturligt inkommen.
Öppen, frisk till fuktig miljö, ofta på bar jord: sand- och stenstrand, sumpiga strandängar samt dammkanter. På stränderna är sumpfräne helt bunden till tånggödning (Englund 1942). Primärfyndet gjordes på en havsstrand, och ännu 50 år senare (Eisen & Stuxberg 1869) sågs sumpfräne som en exklusiv havsstrandsväxt, men senare påträffades den bl.a. på torrlagda myrar. Utifrån denna historik är det möjligt att sumpfräne kommit till Gotlands stränder (vid flera skilda tillfällen) och sedan spritt sig från stränderna till inlandslokalerna (men till flera av dem kan arten också ha kommit in i samband med myrdikningarna). Det är också möjligt att den är ursprunglig som strandväxt och har en lång historia på Gotland; arten bedömdes som ursprunglig för Småland (Edqvist & Karlsson 2007).

Englund (1942) redovisade arten från 37 strandavsnitt med en stark koncentration till nordöstra Gotland, i Hellvi och Rute, men i Hellvi påträffades arten under våra inventeringar bara på två lokaler, i Rute inte alls. I gengäld har nya lokaler tillkommit, på havsstränder, men också på övriga delar av Gotland. Som helhet ökade sumpfräne något under 1900-talet.