Ursprunglig.
Kärrknipprot föredrar soliga, kalkrika, fuktiga platser, t.ex. källmyrar, kalkgräsmyrar, agmyrskanter och dynkärr; mer kulturpräglade biotoper är diken och övergivna grustag. Den växer ofta i täta bestånd.

En vit färgform där blommorna saknar både det röda och det gula färginslaget är inte så ovanlig (Fries 1932, Rosvall 1976, Larsson 1994) och har noterats från bl.a. Sundre, Lojsta, Mästerby, Follingbo, Hejdeby och Endre. Ovanligare är en form där hela kalken är kraftigt rosafärgad, Valar i Öja, 1974 (Larsson 1994).

Johansson (1897) beskriver kärrknipprot som allmän; vi gör samma bedömning i dag. I Våtmarksinventeringen (Martinsson 1997) var kärrknipprot en av de mest registrerade arterna (på 16:e plats med 114 noteringar; vanligast var blåtåtel Molinia caerulea med 309 noteringar). Däremot noterades kärrknipprot bara från 6 provrutor (0,7 %); de biotoper där den växer upptar en så ringa areal att de slumpade provrutorna inte ofta hamnar på dem.