Ursprunglig. 
Öppen, torr till frisk, sandig, ofta kulturpåverkad miljö: hyggen, brännplatser och brandfält, sandmark; även skräp- och soptippar, bar sand på ruderatmark; någon gång på sanddyner. Troligen ursprunglig, men möjligen även inkommen med t.ex. sjöfart, då en kollekt är samlad vid Gamlehamn i Visby 1850 (Reuterman i GB). Arten dök upp i stora mängder på brandfälten på Torsburgen i Kräklingbo 1994, två år efter branden 1992 (Bohus Jensen 1995). Äldre fynd har gjorts på 24 växtplatser, och arten angavs av Johansson (1897) som ”Blott på sandområdena. Sälls.”. Bergkorsört ökade alltså under 1900-talet, möjligen beroende på ett intensivare skogsbruk.