Ursprunglig.
Vinterfuktigt kalkgrus och bleke på alvar, sandiga, grusiga hällmarker och torrängar samt i hällmarkstallskog, här företrädesvis i gläntor. Under inventeringen funnen inom öns kalkområden, men inte i märgelområdena på Sudret och Romaslätten eller i sandområdena på Avanäset och Gotska Sandön. Arten ökade på 1900-talet; Johansson (1897) bedömde den som ”Täml. allm.”. Troligen beror detta på minskat betestryck. I dag växer liten sandlilja ofta i stora, utbredda bestånd, vilket avspeglas i den ganska höga frekvensen av förekomster i provrutorna.