Sjöranunkel växer på dyiga bottnar i rinnande vatten, sjöar och blöta strandkärr. Arten sprids till stor del vegetativt med krypande jordstammar och lösbrutna skottdelar. Frösättning-en anses vara svag. Sjöranunkeln är något näringsgynnad och saknas i mycket näringsfattiga sjöar och våtmarker. Den vanligaste biotopen är dock skogsåar som ofta är ganska näringsfattiga. Arten växer ibland i småforsar men oftare i lugnflytande sektioner, gärna med anslutande strandkärr och fuktängar. Vattendrag utan anslutande våtmarker saknar i regel sjöranunkel. Arten står alltid blött, ofta i yttre kanten av starrvassar bland sjöfräken och säv. I strömmar kan den ibland växa helt nedsänkt i vatten. Sjöranunkeln kan också växa i vattendragens kärrartade mader bland bunkestarr och sjöfräken eller till och med i skogbevuxna våtmarker, men alltid mycket blött.

Sjöranunkeln har rika förekomster längs flera av landskapets kustmynnande vattendrag. Särskilt i mellersta delen av Testeboåns vattensystem där den är en av strandens karaktärsväxter. Arten är sydlig men har spridda reliktförekomster ända upp till Lycksele lappmark. Den tydliga nordvästgränsen genom landskapet är knappast enbart klimatiskt betingad eftersom arten når längre in i landet i Hälsingland. Sannolikt avspeglar utbredningen även jordmån och vattenkemi.
Mindre vanlig (26% och 114 noterade lokaler).