Kärrtisteln är ursprunglig. Den betecknas som allmän eller tämligen allmän i de gamla referenserna.
Namnet till trots är kärrtistel ingen utpräglad myrväxt. Den håller helst till i övergången mellan myr och skog eller i översilade starkt sluttande delar och i huvudsak i rikkärr. Arten behöver god ljustillgång för att blomma och växer därför helst öppet i fuktsvackor på hyggen eller vid källor och fuktstråk i skogen. I kulturlandskapet etablerar den sig gärna vid diken, i fuktiga vägkanter, på försumpade åkrar, betesmarker och fuktängar. Arten kan ibland bli ett oönskat ogräs i beteshagar. Kärrtisteln är i motsats till brudborste mycket vanlig längs kusten och är här typisk för de inre utsötade delarna av vikarna där havsstrand övergår i kärr eller fuktäng. Kärrtisteln är också vanligare och jämnare spridd än brudborsten men blir å andra sidan sällan dominerande. Den trivs inte i urbana och kraftigt näringsbelastade kulturmiljöer.
De vanligaste följeslagarna är älggräs (31%), blodrot, kärrviol, glasbjörk, gran, strätta, tuvtåtel och tussilago. Kärrtistel blommar samtidigt som älggräs, mjölkört och brudborste.