Kärrdunörten är flerårig. Den förökar sig vegetativt med smala underjordiska utlöpare. Långdistansspridning kan ske med vindburna frön. Kärrdunörten växer i regel blött. Den är oberoende av kalk och har små krav på näring. Arten är typisk för sanka sjöstränder och vegetationsrika småvatten. Den växer gärna på mossiga gungflymattor eller i flytande starr- och bladvassar mot öppet vatten. Ofta finner man den bland kråkklöver, kaveldun och trindstarr och ibland i stor mängd. Liknande miljöer finns även vid havet i form av nyligen avsnörda vattensamlingar och vegetationsrika hällkar. Arten växer också i blöta kärr men helst med kontakt med öppet vatten vid sjöar eller vattendrag. Den är också vanlig i fattiga källmiljöer. Kärrdunörten har stor spridning i kulturlandskapet och förekommer lite här och var i fuktiga miljöer med blottad jord. Typiska platser är blöta grustag, vägdiken och åkerdiken.

Arten är jämnt spridd över landskapet utan luckor.
Mycket vanlig (93% och 498 noterade lokaler).