Brunskära är liksom andra skäror ettårig. Den är också konkurrenssvag och beroende av naken näringsrik fuktig jord för att kunna etablera nya plantor. Växten förekommer både vid havet och vid större närings-rika sjöar och vattendrag i jordbrukslandskapet. Vid havet är den typisk för hällkar och fågelgödslade skär. Mer sällan hittas den på tångvallar och utsötade näringsrika miljöer i skärgården. Vid näringsrika sjöar och vattendrag växer den ofta på platser där konkurrensen från vassar saknas, t.ex. i kanten av badstränder, på blottad gyttja eller på driftvallar av ruttnande vass. Brunskäran gynnas av omrörning och etablerar sig gärna på muddermassor, vid båtplatser, längs leriga diken eller fuktiga körspår. Arten uppträder också som åker-ogräs och kan någon gång förekomma i mängd på försumpade trädesåkrar, annars mest i blöthål på åkrarna. Växten är typisk för betade strandängar vid näringsrika och helst leriga stränder. Brunskäran gynnas starkt av betet som skapar ytor med söndertrampad jord. Växten har hullingförsedda frukter avpassade för djurspridning.

Växten varierar mycket i storlek och näringsbrist resulterar i dvärgexemplar med ett fåtal blomkorgar.

Mindre vanlig (21% och 96 noterade lokaler). Minskande.