Gräsnaten är flerårig. Den sprids vegetativt med krypande jordstammar på bottnarna. Övervintringsknopparna anläggs vid uppsvällda näringslagrande leder på jordstammarna. Gräsnate växer ofta helt nedsänkt i vattnet men kan också utveckla flytblad. Arten finns i rinnande vatten och i sjöar men inte i brackvatten. Den är vanligast i svagt strömmande vatten. Många vattendrag med gräsnate är ganska opåverkade men åtskilliga är dikade och kanaliserade genom odlad mark, skog eller myr. Enstaka fynd har också gjorts i grusgropar och vattenfyllda landsvägsdiken. Arten verkar nästan lika oberoende av näringshalter och vattenkvalitet som rostnate. I stillastående vatten är den vanligast i stora sjöar och växer här ganska grunt (0,3–1 m djupt) och exponerat på hårdbottnar av sand eller sten. Arten har hittats i näringsfattiga klarvattensjöar och brunvattensjöar men inte i de allra näringsrikaste sjöarna och inte i de vegetationsrika vikarna. Den saknas också genomgående i skogslandskapets små fattiga brunvattentjärnar.

Arten är mycket variabel.

Arten är ganska jämnt fördelad över landskapet. Den har hittats på några platser längs kusten (bland annat på Kusön) trots att den inte verkar trivas i bräckt vatten.
Mindre vanlig (43% och 129 noterade lokaler).

Hybrider
Hybriden med ålnate, P gramineus × perfoliatus, är funnen i sjön Trösken enligt Gävletraktens växter 1863 (belägg i S, !CD Preston). Den har också samlats från kanalen vid Älgsjön i Valbo (G Eriksson i S, !ThK).