Hamnsenap är en typisk ruderatväxt som växer på uppgrävd eller utfylld mark. Den är ettårig och behöver naken jord för att etablera sig. Arten har mest hittats på jordhögar, tippar och industrimark. Mer än hälften av de gamla fynden är gjorda i Gävle hamn. Arten är oftast tillfällig och försvinner när vegetationen sluter sig.

Mycket sällsynt (4% och 11 lokaler).