Arten sprids vegetativt med grova underjordiska utlöpare och kan bilda både täta och glesa bestånd. Flaskstarren är en mycket vanlig växt som finns vid alla sjöar och tjärnar i landskapet. Den växer i både näringsfattiga och näringsrika miljöer och är indifferent till kalk. I de näringsfattigaste vattnen växer den i glesa fält eller enstaka i ruggar på grunt vatten ner till en halv meters djup. I näringsrikare sjöar och åar bildar den artegna vassar eller ingår i strandvassar av kaveldun, säv, vass och andra starrarter. Den är också mycket vanlig på gungflystränder. I myrar växer flaskstarren helst i mjukmattor, gungflyn och blötare dråg eller kring öppet vatten. Den förekommer i såväl extremrikkärr som i mycket fattiga kärr och ibland även i mjukmattor i mossar. Arten trivs även i gles sumpskog t.ex. i tallkärr och i blöta klibbalkärr.

Arten varierar avsevärt i storlek och bladfärg och kan ibland vara mycket bredbladig.

Arten är jämnt fördelad över landskapet.
Mycket vanlig (99% och 1172 noterade lokaler).

Hybrider
Hybriden med blåsstarr, C rostrata × vesicaria, har angivits av Wiger (1965) från en handfull lokaler i Järbo och Ockelbo.