Stenfrö är ursprunglig. Artens förekomst i Gävle skär-gård har uppmärksammats av åtskilliga botanister. Den första uppgiften är från Gräsharen och Römaren där växten påträffades av Claes Östling (Wikström 1824). I Gävletraktens växter betecknas den som sällsynt. Totalt är tretton gamla lokaler kända. Arten har försvunnit från någon lokal på grund av exploatering, men i övrigt verkar den påfallande stabil och återfinns på samma öar som för 150 år sedan.
Stenfröet är knutet till landhöjningssträndernas löv- och buskbård. Frukterna sprids och kastas upp på land av stormar. Arten etablerar sig vanligen i anslutning till stormdriftvallar med uppvräkt kalkgrus och gärna där det finns luckor i lövbården. Den lever ofta kvar även sedan lövskogen slutit sig men aldrig vid övergången till barrskog. Växten förekommer ibland även längs stigar, torrbackar och i avröjda strandsnår på öarna.
De vanligaste följeväxterna är havtorn (41%), älggräs, rödklint, renfana, lundelm, strätta och hägg. Stenfröet blommar i juni samtidigt som liljekonvalj och ekorrbär. Blomningen fortsätter ett stycke in i juli.