Kärrsilja är en tvåårig fröspridd växt. Fröna sprids huvudsakligen med vatten. Kärrsiljan växer på fuktig eller blöt mark vid stränder av sjöar och vattendrag eller i myrar. Arten har ganska små krav på näring men växer inte i mycket fattiga och starkt sura myrar. Den gynnas av översilning och översvämmande näringsrikt vatten. Översvämningsbetingade våtmarker vid större vattendrag är särskilt karaktäristiska biotoper. Arten trivs också utmärkt i rikkärr och extremrikkärr men den växer även i fattigkärr – både på fastmattor och mycket blött på gungfly. Arten är spridd i skärgården men förekommer bara på utsötade havsstrandängar och vid avsnörda havsvikar.

Mycket vanlig (97% och 891 notera-de lokaler).