Arten har liknande ekologi som trådfräken men är starkare knuten till våtmarker och stränder än till skog. Smalfräken växer på näringsfattig, fuktig mark. Den är tydligt kalkgynnad men inte kalkberoende. Arten föredrar naken mineraljord av grus eller sten men kan också växa i grund torv i rikkärr eller på annan tunn organisk jord. Smalfräken är troligen känslig för övergödning och igenväxning. Den är ganska ljuskrävande och växer gärna öppet eller i gles skog men inte under ett slutet krontak. Typiska biotoper är kantzoner mot kärr och stränder, där kalkrikt grundvatten tränger fram, och växelfuktiga svackor (kärrfönster) påverkade av kalkrikt grundvatten. Vegetationstypen är nästan alltid kalkfuktäng, alltså en blandning av myr och äng. Smalfräken växer i likhet med trådfräken gärna i gamla grustag, ofta i stor mängd och någon gång även i grustag helt utan påverkan av kalk.

Sällsynt (9% och 47 lokaler).