Kustarun är en tvåårig fröspridd havsstrandsväxt. Den är ljuskrävande och konkurrens-svag. Arten föredrar måttligt exponerade stenstränder och finsedimentstränder i strandens mellersta del. För att den ska trivas krävs inblandning av finare substrat mellan strandstenarna varför arten saknas på kraftigt ursvallade stränder. Den hittas ofta i partier med lågvuxen sammanhängande grässvål. Kustarun har också hittats på större industri- och hamnområden vid kusten. Mycket sällsynt kan arten växa på öppen kalkrik skogsmark innan-för kusten (se lokaler).

Mycket vanlig längs kusten (95% av kustrutorna och 118 noterade lokaler).

lokaler (i inlandet)
1. Valbo, Rörberg, Gävle-Sandvikens flygplats, 13H4c 6721350 1562550, avschaktad skogsmark vid flygplats, regelbundet röjd, fukthållande mjäla med sand, grus och sten, i gles vegetation 1994 (DIN).