Flaskstarren förekommer i kärr av alla typer, både rikkärr och fattigkärr, men saknas i rena mossar. Den är vanlig i diken och vattenhål, och bildar utbredda bestånd på grunt vatten i både fattiga och extremt näringsrika sjöar. Flaskstarren är slåttergynnad och bildar i likhet med trådstarr ofta vidsträckta fält i tidigare slåttermyrar.