Europa, Nordafrika, Nordasien. I Sverige upp till Hälsingland. I Sörmland tämligen sällsynt, mest i landskapets östra del – (6%). Myskmadran är en flerårig ört med krypande jordstam som bildar mattor på mullrik skogsmark där den kan breda ut sig över stora ytor. Arten växer helst i ädellövskog men också i örtrik granskog, helst på torra och varma platser som i rasbranter, vid bergrötter eller i blockiga moränsluttningar med lind. I västra Sörmland växer den också på morän i fuktig granskog intill bäckar och alkärr. Områden där arten växer är ofta intressanta ur naturvårdssynpunkt. Myskmadran är också sedan gammalt en kär prydnads- och doftväxt som planterades in i trädgårdar och som torkad användes för sin väldoft och till att fördriva mal i kistor och skåp. Flera förekomster beror på förvildning i parker och tomtgränser.