Europa. I Sverige i nästan hela landet, sällsynt i norr. I Sörmland mycket allmän och jämnt spridd – (92%). Fyrkantig johannesört växer främst i hagmarker, där betestrycket är lågt eller där betet för en tid sedan upphört. Arten växer allmänt också i skogsbryn, vägkanter och på hyggen. Den missgynnas av hårt bete och i äldre tid växte den främst i slåtterängar (Luut 1769).