Kärrbräken växer i kärrmarker på ej alltför surt underlag. Tillsammans med trindstarr är den karaktärsväxt på vassdominerade gungflyn kring småsjöar, särskilt källsjöar, men den växer också ofta i växelfuktiga alkärr. Kärrbräken förekommer nästan alltid på kärrytan i granbräkenkärr. Kärrbräken är kalkgynnad och förmodligen även slåttergynnad.