Havssäven föredrar grunda havsvikar på lera och andra finsediment. Den bildar ofta bestånd i vattnet innanför bladvassen, särskilt på betade strandängar, där den även kan bilda bestånd ovanför medelvattenlinjen. Arten är sällan funnen i sötvatten, mest i nyligen avsnörda lagunsjöar, men även en gång i Mälaren vid Ragnhildsborg i Västertälje (Almquist & Asplund 1937).