Skaftslamkrypan växer på sin enda sörmländska lokal på grunt vatten och ned till en meters djup i löst slam på moig botten i en svagt näringsrik sjö tillsammans med andra slamkrypor och kortskottsväxter som strandpryl, notblomster och braxengräs. Växten är konkurrenssvag. Växtplatsen är beskriven av Thorán (1971). Den sörmländska lokalen ligger långt från övriga svenska förekomster. Närmast finns arten i södra Värmland.

Europa. I Sverige i Götaland och Svealand, mest i de västra delarna. Nationellt rödlistad – hotklass VU (sårbara).