Vattenaloen växer i näringsrika sjöar med klart vatten, både i stora sjöars grunda vikar och i grunda småsjöar med gungfly av vass rik på kärrbräken och trindstarr. Vattenaloen växer nästan alltid tillsammans med dyblad men är mera sällsynt. Någon gång kan man se massförekomster på särskilt gynnade lokaler. Vattenaloen tycks ha ökat i Mälaren under 1900-talet. Endast honplantor finns i Sverige och all spridning sker därför vegetativt med bladrosetter som lätt sprids inom vattensystemen. Hela beståndet kan mycket väl utgöras av en enda klon.