Stinksyska är ursprunglig men kulturgynnad. Den växer beståndsbildande på mullrik mark i lövskogar, främst i sluttningar, bäckdalar och nedanför bergbranter, särskilt om hassel Corylus avellana finns med i bilden. På kulturpåverkad mark finner man den ibland i buskrika betesmarker, vid dammar, märgelhålor och i anslutning till vägdiken. En avvikande ståndort finns i Falkenberg hamnen vid 5B 2j 24 30, ruderatmark vid silo 1991 (NGN).

Stinksyska har ökat i frekvens under de senaste decennierna. Troligen har den gynnats av ökad tillgång på lövbiotoper i kombination med nedfall av kväve.