Kråkklöver är ursprunglig men något kulturgynnad. Den bildar vanligen kraftiga och ibland helt dominerande bestånd på blöt, eller tidvis upptorkande, mark med växlande näringsinnehåll - i kärr, gärna gungflyartade, på sötvattensstränder, både på landstranden och på grunt vatten, samt i sumpskogar, fuktängar och diken.