Besksöta är ursprunglig och i någorlunda naturliga miljöer förekommer den i alkärr och näringsrika, fuktiga lövblandskogar, särskilt intill sjöar, vattendrag, källor och små skogskärr. Vid havet växer den på klapperstensstränder samt i snår och vassar på skyddade stränder. Eftersom den är kultur- och kvävegynnad finner man den också vid dammar och märgelhålor, kring kärrpölar i betesmarker, i diken och ibland vid gödselstäder. Som exempel på en ovanlig ståndort kan nämnas en grenklyka 3 m över marken i en stor ask Fraxinus excelsior, där ett kraftigt, blommande ex rotat sig utan kontakt med marken (Rammsjöhall; 6B 3i 42 06).