Granbräken är ursprunglig men kulturgynnad. I någorlunda naturlig vegetation finner man den i barr- och alsumpskogar, i näringsrika till näringsfattiga kärr, som gärna får vara översilade, samt på fukthedar. De vanligaste växtplatserna är emellertid dikade, igenväxande fuktängar och kärr, som har hävdats eller fortfarande hävdas genom bete och/eller slåtter. I igenväxande fuktängar kan arten uppträda rikligt, men på andra ståndorter finns vanligen endast några få exemplar. Mindre vanliga kulturstandorter är igenväxande inägor och övergivna mossodlingar.

Arten hotas på sikt genom att många lokaler får växa igen eller dikas och planteras med gran.