Mörk dunört är ursprunglig men kulturgynnad. De vanligaste växtplatserna är källor och källfloden, främst i naturbetesmarker men även i lövskogar och lövdungar. Även diken, kärrpölar och mycket små fuktstråk i natur- och kulturbetesmarker är karakteristiska ståndorter. Då och då kan man också finna arten på torr mark, t ex i grönsaksland och åkerkanter. På de flesta lokaler växer i regel endast några få individ, men enstaka gånger uppträder den beståndsbildande, t ex i vattenrika diken eller på torr, störd mark som nedlagda åkrar och träd/buskröjda områden.