Småsileshår är ursprunglig. Den växer främst, och ofta rikligt, i höljor på blöta torvmossar och på flacka, glesbevuxna stränder med finkornig mineraljord eller dy vid näringsfattiga sjöar. Ibland finner man den även på fukthedar och på vitmossdominerade gungflyn, men i den senare miljon är de övriga sileshåren vanligare. Åtminstone i norra Halland kan den uppträda rikligt i periodiskt uttorkade gölar nära havet.